La psicoterapia consiste in una serie di sedute, ossia colloqui finalizzati alla cura di disagi psicologici o psicofisici attraverso un percorso di conoscenza di sè. La cadenza dei colloqui è settimanale, soprattutto nelle prime fasi della terapia, dopodiché può essere diradata a una cadenza quindicinale.  Ogni colloquio dura 50 minuti. Il numero totale di sedute non può essere stabilito a priori dal momento che varia a seconda di numerosi fattori, tra cui per esempio l'entità e la gravità del disagio psicologico: vi sono situazioni che traggono beneficio da un breve ciclo di sedute (circa 10), altre che richiedono un percorso un po' più lungo. Per quanto riguarda gli strumenti utilizzati, la psicoterapia del profondo si differenzia da quella cognitivo-comportamentale in quanto nella cura del disagio psicologico tiene conto non solo degli aspetti cognitivi, ma anche e soprattutto di tutti i segnali provenienti da quella che viene ritenuta la "saggezza interiore", ossia l'inconscio (sogni, incubi, simbologia dei sintomi fisici, amnesie, lapsus, coincidenze "strane" ecc.).